民國83年

開始招收碩士班學生

成立於民國83年，同年開始招收第一屆碩士班學生。以培養學生使用「生物技術」於獸醫微生物學之相關研究為發展重點，藉以提升國內動物疾病之診斷與動物疫苗研發水準符合世界趨勢及國內生技人才的急切須求。

民國90年

增設博士班

90年獲教育部同意，進一步增設博士班。

民國98年

成立微生物與公共衛生學研究所

98年8月1日經教育部同意，與獸醫公共衛生學研究所合併，成立微生物與公共衛生學研究所。

民國89年10月17日

獸醫學系系務會議通過提送「國立中興大學92學年申請增設獸醫公共衛生學研究所」計畫書

民國89年10月19日

獸醫學院院務會議同意；90年5月4日中興大學第40次校務會議通過「獸醫公共衛生研究所碩士班」申請增設案

民國91年9月24日

教育部（91）高（一）字第914144339號函同意申請，91年10月4日中興大學報部同意以校內自有員額增設「獸醫公共衛生研究所碩士班」

民國91年10月31日

教育部同意獸醫公共衛生學研究所正式成立

民國92年8月

首屆碩士班新生入學

民國94年12月29日

獸醫公衛所所務會議通過提送「國立中興大學97學年申請增設獸醫公共衛生學研究所博士班」計畫書

民國95年2月23日

獸醫學院院務會議同意；95年5月5日中興大學第50次校務會議通過「獸醫公共衛生研究所博士班」申請增設案

民國96年6月20日

教育部台高（一）字第0960086735A號函同意97學年度增設「獸醫公共衛生研究所博士班」申請案

民國97年8月

首屆博士班新生入學

民國98年8月1日

經教育部同意，與獸醫微生物學研究所合併，成立微生物與公共衛生學研究所。